Bertrand BREHIER a débuté sa carrière début 2000 au sein de la Société Générale. De 2000 à 2003, il a travaillé dans le département « droit bancaire » comme conseil juridique auprès du réseau, des services centraux et des filiales. Il s'est occupé notamment de l'élaboration de produits bancaires, du droit des moyens et systèmes de paiement et du droit de la concurrence.

En 2003, il a rejoint le service « droit des marchés et des gestions » au sein duquel il était principalement en charge des marchés réglementés et des questions de droit boursier (abus de marché, appel public à l'épargne, services d'investissement...). Il s'est occupé également du lobbying sur les principaux textes adoptés (MIF, prospectus, transparence...).

Depuis 2007, Bertrand BREHIER est responsable adjoint du département « Réglementation bancaire et financière » de la Société Générale. Ce service est en charge du droit des marchés financiers (marchés réglementés, marchés de gré à gré et gestion d'actifs), de la réglementation bancaire (surveillance prudentielle, lutte contre le blanchiment et le financement du terrorisme) et de la règlementation des assurances.

Bertrand BREHIER a commencé à enseigner en 1999 à l'Université Paris XII Saint Maur, d'abord comme chargé de travaux dirigés en droit commercial (maîtrise) puis comme chargé de cours en DEA / Master 2 (en droit des marchés financiers). Il a rejoint le Master II de droit bancaire et financier de Paris I en 2003 et le co-dirige depuis 2007. Il a été nommé Maître de conférences associé à l'Université Paris I Panthéon Sorbonne en 2007 puis Professeur associé en 2010.

Il préside depuis 2009 le Comité "Droit de la Banque d'investissement et de marché" de la Fédération Bancaire Française.